Für die Diagnose wichtig sind ein genaues Erfassen des Krankheitsverlaufs, sowie eine manuelle Untersuchung des Kniegelenks.

Anschließend sollte die Sonographie und eventuell eine MRT durchgeführt werden, da man damit die exakte Größe und die genaue Ausdehnung der Bakerzyste feststellen und die auslösende Grunderkrankung (wie z.B. ein bestehender Meniskusschaden) sicher abklären kann.